I am currently trying to covert a simple a .msh to XDMF mesh with the following code from the tutorials above:
msh = meshio.read("test_box.msh") for cell in msh.cells: if cell.type == "triangle": triangle_cells = cell.data elif cell.type == "tetra": tetra_cells = cell.data
for key in msh.cell_data_dict["gmsh:physical"].keys():
if key == "triangle":
triangle_data = msh.cell_data_dict["gmsh:physical"][key]
elif key == "tetra":
tetra_data = msh.cell_data_dict["gmsh:physical"][key]
tetra_mesh = meshio.Mesh(points=msh.points, cells={"tetra": tetra_cells},
cell_data={"name_to_read":[tetra_data]})
triangle_mesh = meshio.Mesh(points=msh.points,
cells=[("triangle", triangle_cells)],
cell_data={"name_to_read": [triangle_data]})
meshio.write("mesh.xdmf", tetra_mesh)
meshio.write("mf.xdmf", triangle_mesh)
mesh = Mesh()
with XDMFFile("mesh.xdmf") as infile:
infile.read(mesh)
mvc = MeshValueCollection("size_t", mesh, 2)
with XDMFFile("mf.xdmf") as infile:
infile.read(mvc, "name_to_read")
mf = cpp.mesh.MeshFunctionSizet(mesh, mvc)
cf = cpp.mesh.MeshFunctionSizet(mesh, mvc)
but when it tries to read in the file in infield.read(mesh) I get a ValueError: vector. I cannot figure out why, as the same code works on my colleagues computer. I have attached the beginning of my mesh file! Any help would be appreciated.
mesh file:
$MeshFormat
2.2 0 8
$EndMeshFormat
$Nodes
358
1 0 0 1
2 0 0 0
3 0 1 1
4 0 1 0
5 1 0 1
6 1 0 0
7 1 1 1
8 1 1 0
9 0 0 0.1666666666666662
10 0 0 0.3333333333333324
11 0 0 0.4999999999999986
12 0 0 0.6666666666666646
13 0 0 0.8333333333333321
14 0 0.1666666666666662 1
15 0 0.3333333333333324 1
16 0 0.4999999999999986 1
17 0 0.6666666666666646 1
18 0 0.8333333333333321 1
19 0 1 0.1666666666666662
20 0 1 0.3333333333333324
21 0 1 0.4999999999999986
22 0 1 0.6666666666666646
23 0 1 0.8333333333333321
24 0 0.1666666666666662 0
25 0 0.3333333333333324 0
26 0 0.4999999999999986 0
27 0 0.6666666666666646 0
28 0 0.8333333333333321 0
29 1 0 0.1666666666666662
30 1 0 0.3333333333333324
31 1 0 0.4999999999999986
32 1 0 0.6666666666666646
33 1 0 0.8333333333333321
34 1 0.1666666666666662 1
35 1 0.3333333333333324 1
36 1 0.4999999999999986 1
37 1 0.6666666666666646 1
38 1 0.8333333333333321 1
39 1 1 0.1666666666666662
40 1 1 0.3333333333333324
41 1 1 0.4999999999999986
42 1 1 0.6666666666666646
43 1 1 0.8333333333333321
44 1 0.1666666666666662 0
45 1 0.3333333333333324 0
46 1 0.4999999999999986 0
47 1 0.6666666666666646 0